根据知识产权的自身特点和我国有关法律法规的规定，在知识产权侵权诉讼案件中，针对原告的指控，被告可以依法从以下几方面提出抗辩。
    一、指出原告的专利已不受法律保护
如果通过调查取证，被告能够证明原告的专利已失去了法律保护，这样，被告自然会胜诉。一般来讲，专利失去法律保护的情况大致有以下三种：
    1、保护期已满的专利  专利权的一个重要特性是它的期限性，即在一定的期限内受法律保护，超过这一期限就不再受法律保护。我国现行专利法规定，发明专利的保护期为20年，实用新型和外观设计专利的保护期为10年，均从申请日起计算。这样，超过以上期限的专利就失去了法律保护，实施这样的专利自然不会构成专利侵权。
    2、外国政府授予的专利  专利权的另一个特性是它的地域性，即一国政府根据其本国法律授予的专利权一般只在该国范围内有效，超出该国范围就不受法律保护。因此，外国政府授予的专利在中国不受法律保护，任意实施都不构成专利侵权。
    3、提前终止的专利   有些专利并没有达到法定的保护期，但由于某种原因却提前终止了，从而失去了法律保护，任何人都可以实施而不构成专利侵权。导致专利权提前终止的原因通常有专利权人未按规定交纳年费，专利权人以书面声明放弃其专利权等。南京卫龙律师whyLaw.com知识产权专家
    二、请求宣告原告的专利权无效
    在专利侵权诉讼中，被告可依法请求宣告原告的专利权无效。原告的专利权一旦被宣告无效，也就不存在专利侵权问题。被告在请求宣告原告的专利权无效的同时，还可以请求人民法院中止专利侵权诉讼，待专利复审委员会对专利权的有效性作出决定后再做处理。这里，关键是要收集原告专利权无效的理由和证据。例如，对于发明专利和实用新型专利，专利权无效的理由主要有以下五个方面：
   1、授予专利权的发明创造不具备新颖性、创造性和实用性。
   2、授予专利权的发明创造没有在说明书中充分公开。被告可以仔细分析原告的专利说明书是否对其发明创造作出了清楚、完整的说明，使所属技术领域的技术人员能够实现。如果不满足这一条件，则表明原告的发明创造没有在说明书中充分公开，据此可以请求宣告其专利权无效。
   3、权利要求书没有得到说明书的支持。也就是讲，权利要求书所要求的专利保护范围在说明书中找不到依据。因此，被告应分析对比原告的专利说明书和权利要求书，收集说明书不支持权利要求书的证据。
   4、 修改超出了原说明书和权利要求书记载的范围。为收集这方面的证据，被告应调查原告的专利说明书和权利要求书在审批过程中的修改变动情况。
5、授予专利的发明创造不属于专利法所保护的领域。比如原告的发明创造本质上是一种智力活动的规则，则不属于专利法保护的范围，即使被授予专利权，也应宣告无效。
   三、指出被告的行为属于合理使用
   根据专利法的规定，下列情形不视为侵犯专利权：
   1、专利权人制造或经其许可制造的产品售出后使用或销售该产品的；
   2、不知道所使用或销售的产品是未经专利权人许可而制造并售出的；
   3、根据先用权在原有范围内制造相同产品，使用相同方法的；
   4、临时过境的外国运输工具为其自身需要在其装置或设备中使用有关专利的；
   5、专为科学研究和实验而使用有关专利的。
   此外，根据国家计划许可或专利局批准的强制许可而实施有关专利的，也是合法行为。南京卫龙律师whyLaw.com知识产权专家
    四、指出被告实施的发明创造不属于原告的专利保护范围
被告受到专利侵权指控后，应当仔细分析原告专利的权利要求书，看看自己实施的发明创造是否落入原告的专利保护范围。如果属于以下三种情况，则被告的行为不构成侵权：
   1、被告实施的发明创造实际上是一种已有技术的等效物，与原告的专利无关。
   2、被告实施的发明创造虽然是原告专利说明书公开的内容，但原告的专利权利要求书中没有在权项中提出相应的保护要求，或者说专利权人由于其专利申请文件撰写方面的缺陷，在说明书中作出超出其权利要求保护范围的公开。其超出部分不受保护，他人可以任意使用。
   3、被告实施的发明创造在必要技术特征的构成方面与原告的专利有显著差别。例如原告权利要求书中记载的必要技术特征为A、B、C和D，而被告发明创造的必要技术特征为A、B和E，且E与C和D之间有着本质的差别，从而使两者的发明创造在功能和效果方面都有明显的差异。这时，被告的发明创造实际上是一项不同于原告专利的、有创造性的新的技术方案，并且被告可就此提出自己的专利申请。南京卫龙律师whyLaw.com知识产权专家
   五、指出被告的行为依法可以不承担侵权责任
被告虽然实施了原告的专利，但如果能够证明其行为属于下列情形，则可以不承担侵权责任：
   1、被告取得了原告的明示或默示许可
为此，被告可以收集取得原告明示许可的证据，如许可合同、有关函件等；还可以收集得到原告默示许可的证据，例如虽然没有签订许可合同，但原告曾经指导被告实施其专利技术。
   2、被告没有实施原告专利的行为
如果被告只有非法实施原告专利的意图，但却没有具体的实施行为，则可不承担侵权责任。
   3、诉讼时效已过
如果被告能证实自己的被控侵权行为发生在两年前，并且当时原告得知或应当知道这种情况，那么原告由于诉讼时效已过，而丧失了胜诉权，被告据此可以不承担侵权责任。
   当然，如果不存在以上的情况时，被告应主动同原告和解，争取得到原告的谅解，补签专利实施许可合同，交付专利使用费。这样，可使为实施该专利而建造的厂房、购置的设备等继续发挥作用，避免因被迫停止实施该专利而造成投资上的浪费，从而达到共同开发发明创造成果，推动生产力发展的目的。