公司设立协议是出资人为规范公司设立过程中各出资人的权利和义务而签署的协议。设立协议一般包括如下内容：公司的注册资本数额、出资方式和出次时间，出资人在设立过程中的权利和义务，公司设立不成时费用的承担等。正因为设立协议主要解决出资人出资问题，因此也常被称为出资协议。
1、缺少书面公司设立协议的法律风险
实践中，公司的出资人因较少考虑公司设立过程出现的问题，或缺乏书面的设立协议。因出资人之间缺少设立协议的约束，权利和义务的边界模糊，当公司设立活动出现与预想结果相悖的情况时，纠纷和诉讼可能性增加。而且由于出资人放弃了明确股东之间进一步权利义务划分的机会，潜在的不确定法律风险将一直持续存在于公司股东之间。
2、公司设立协议约定不当的法律风险
公司设立协议从本质上隶属民事法律关系中的合同，所有违反公司设立协议的行为，对出资人而言都是违约行为，适用合同法的有关规定。在公司不能依法成立的情形下，设立协议显得格外重要：可以根据设立协议确定公司不能合法设立的原因；可以根据设立协议判定出资人的违约行为；可以根据设立协议确定违约人的赔偿责任等。
然而当公司设立协议并没有明确约定权利义务以及违约责任时，法律风险同样存在。实践中公司设立协议约定事项违法的情况也偶有发生，违法条款某些是个别无效，某些则可能影响公司成立。
3、设立协议的保密条款
公司在设立过程中，有关将来公司的很多资料、信息都没有采用其他保密措施，出资人之间依君子协定并不能完全解决保密问题，在设立协议中应当明确保密条款，尤其是具有特定的专利技术、技术秘密，或者具有特殊的经营方式或服务理念的公司，更应作保密的约定。
对于公司成立后有部分股东不参与经营管理的公司，设立协议时所约定的保密条款应扩大到公司成立之后。一是避免股东利用股东身份损害成立后的公司利益；二是避免股东利用该公司的信息“另起炉灶”，与公司形成直接竞争关系。
4、缺乏股东之间约束机制的法律风险
股东作为公司的投资者和公司利益的享有者，能够了解公司的全部经营活动，但股东因出资的多寡从公司获取的利益有所差异，当股东了解的经营信息能够获得远远超出其出资获得的收益时，约束股东对经营信息的滥用就显得十分必要。
公司可以通过劳动合同、规章制度等为员工设定行为规范，公司法对董事和经理规定了基本义务，但股东行为的限定，只能通过股东之间的相互约束，包括设立协议约定和股东制定的公司章程来完成。实践中最为常见的缺乏对股东约束的法律风险体现在竞业禁止。公司股东另外投资从事与公司相同的行业，形成与公司直接或间接的竞争关系，在公司存在不参与经营的小股东的情况下，这种法律风险更为突出。