股权设置是出资人根据其出资比例确定的，但在最初设立公司时都会有各方洽谈出资份额的过程。但大多人考虑的是：公司由谁享有控制权？各方的收益比例如何均衡？当股东之间发生争执时，能否有效决策？
1、畸形股权设置一：平衡股权结构
所谓平衡股权结构，是指公司的大股东之间的股权比例相当接近，没有其他小股东或者其他小股东的股权比例极低的情况。在设立公司过程中，如果不是一方具有绝对的强势，往往能够对抗的各方会为了争夺将来公司的控制权，设置出双方均衡的股权比例。如果这种能够对抗的投资人超过两个，所形成的股权结构就较为科学。但是如果这种能够对抗的投资人只有两个，则将形成平衡股权结构。
案例1：某有限责任公司，只有两个股东，双方各占50%股份。按照公司法规定，股东会决议需要过半数的表决权股东同意才有效。后来，两个股东因为其他原因导致争议，双方互不同意对方的提议，导致公司无法形成任何决议，经营不能正常进行。
案例2：某有限责任公司，有股东三人，甲、乙两名股东各占45%的股份，丙占10%的股份。按照公司法规定，股东会决议需要超过半数的表决权股东同意才有效。甲、乙一旦意见不同，则丙支持哪一方，哪一方的意见就能够形成有效决议。甲、乙发现这一情况后，都有意拉拢丙。最终的结果是丙实质上控制了公司的发展走向。
上面两个案例所产生的问题并不相同，但同样损害着公司利益。案例一形成了股东僵局。案例二导致了公司控制权与利益索取权的失衡。股东所占股份的百分比，只是在分红时起作用，并不意味着每个股东对公司的运营能产生影响，尤其是一些零散的决策权，总是掌握在某一个股东手里。零散决策权必将带来某些私人收益。股东从公司能够获得的收益是根据其所占股份确定的，股份越高其收益索取权越大，就应当有对应的控制权。当公司的控制权交给了股份比例较小的股东，其收益索取权很少，必然会想办法利用自己的控制权扩大自己的额外利益。这种滥用控制权的法律风险是巨大的，对公司和其他股东利益都有严重的损害。
2、畸形股权设置二：股权过分集中
事实上有很多公司有一个主要出资人，为了符合过去的公司法有关规定才找了其他小股东共同成立公司。这种情况下，很容易出现股权过分集中的结构，一个大股东拥有公司绝对多数股份。
一股独大的情况下，董事会、监事会和股东会形同虚设，“内部人控制”问题严重，企业无法摆脱“一言堂”和家长式管理模式。但在公司进入到规模化、多元化经营以后，缺乏制衡机制，决策失误的可能性增加，企业承担的风险会随着公司实力的增强而同步增大。
另外，一股独大，导致企业的任何经营决策都必须通过大股东进行，其他小股东逐渐丧失参与公司经营管理的热情。一旦大股东出现状况，如大股东意外死亡或被刑事关押等，直接导致企业无法正常经营决策。等到一切明朗的时候，企业已经被推到了破产的边缘。
股权过分集中，不仅对公司小股东的利益保护不利，对公司的长期发展不利，而且对大股东本身也存在不利。一方面由于绝对控股，企业行为很容易与大股东个人行为混同，一些情况下，股东将承担更多的企业行为产生的不利后果；另一方面大股东因特殊情况暂时无法处理公司事务时，将产生小股东争夺控制权的不利局面，给企业造成的损害无法估量。
3、畸形股权设置三：股权平均分散
股份分散为现代公司的基本特征，在这种情况下，有关股东如何实现对公司的控制权就显得尤为重要。一些公司的股权形成了多数股东平均持有低额股权，形成了“肥份人人有份、股权相对平均”的畸形格局。
在众多平均的小股东构成的股权设置结构中，由于缺乏具有相对控制力的股东，各小股东从公司的利益索取权有限，参与管理热情不高，公司的实际经营管理通过职业经理人或管理层完成。公司管理环节缺失股东的有效监督，管理层道理危机问题较为严重。
另一种局面就是，大量的小股东在股东会中相互制约，要想通过决议必须通过复杂的投票和相互的争吵。公司大量的精力和能量消耗在股东之间的博弈活动中。
4、特殊的股权设置——夫妻股东
许多民营企业家在创业之初即为夫妻共同打天下，公司注册为夫妻两人所有；也有企业为了满足公司法规定的“公司股东必须为两人以上”的强制性要求，但又信不过别人，因此，将公司注册为夫妻两人所有，实质上由一人出资经营。
关于夫妻公司，我国公司法并未明确予以禁止，夫妻共同投资一家公司也并不具有任何法律上的瑕疵。实践中，夫妻公司往往与家庭并无实质分别，尤其是财产上混为一体，容易出现个别股东操纵公司、损害公司法人人格独立性，可能招致公司人格的丧失，失去“有限责任”的保护，将整个家庭与公司混同。2005年底修改《公司法》，确立了法人人格否定制度，夫妻公司经营管理活动不规范则存在法人人格被否定的法律风险。
因“夫妻公司”引发的法人资格否定的纠纷，主要体现在公司债权人要求偿还债务和夫妻离婚诉讼两种情况。从法人人格否定制度来讲，其目的在于保护债权人，只有在法人债权人提出诉讼请求时，法院才进行审查“夫妻公司”是否存在滥用法人人格的情况，决定是否否定法人人格。